診所稅務指南 2026：執行業務所得怎麼算、扣繳規則與 5 個查稅地雷
診所要繳什麼稅？本文用 2026 年最新規定拆解診所稅務：執行業務所得的兩種計算方式與 114 年度費用標準費用率表、健保給付與薪資的扣繳規則、二代健保補充保費，以及國稅局最愛查的 5 個地雷——自費收入短漏報、金流比對、賣保養品沒辦稅籍登記，幫院長在報稅季前把帳理乾淨。
先說結論：獨資或合夥診所不繳營所稅，盈餘屬「執行業務所得」併入醫師個人綜所稅，稅率 5%–40% 累進；醫療勞務免營業稅，但賣保養品要辦稅籍登記開發票。診所稅務的三個關鍵字是：設帳、扣繳、自費收入誠實申報——尤其自費收入，是 2025 年以來國稅局點名查核醫美與牙科的頭號目標。
這篇把診所要繳的稅、執行業務所得的兩種算法、扣繳義務與最常踩的查稅地雷一次講清楚。
診所要繳哪些稅？一張表看懂
| 稅目 | 診所適用情況 | 重點 |
|---|---|---|
| 綜合所得稅 | 診所盈餘＝執行業務所得，併入醫師個人所得 | 5%–40% 累進，每年 5 月申報 |
| 營業稅 | 醫療勞務免徵；銷售貨物（保養品等）應稅 | 非醫療銷售須稅籍登記＋開發票繳 5% |
| 扣繳稅款 | 診所付薪資、租金、兼診醫師報酬時代扣 | 執行業務報酬扣繳率 10% |
| 二代健保補充保費 | 給付薪資以外所得（如兼診報酬）時代扣 | 費率 2.11%，單次給付達 2 萬元起扣 |
| 房屋稅／地價稅 | 自有房產作診所使用 | 非住家用稅率，開業前先確認 |
注意「診所不繳營所稅」的前提是獨資或合夥型態——這是基層診所的常態；醫療社團法人則走營所稅制，本文不展開。
執行業務所得怎麼計算？兩種方式選一種
執行業務所得＝收入 − 必要費用。差別在費用怎麼認：
方式一：按財政部費用標準申報（多數小型診所的選擇）
未依法設帳、或不提示帳證時，依財政部每年公告的「執行業務者費用標準」計算費用。114 年度（2026 年 5 月申報適用）的醫師費用率：
| 收入類型 | 費用認列標準 |
|---|---|
| 全民健保收入（含部分負擔） | 依健保署核定點數，每點 0.8 元 |
| 掛號費：超過 150 元 | 80% |
| 掛號費：150 元以下 | 90% |
| 自費醫療收入（不含藥費） | 20% |
| 自費醫療收入（含藥費） | 依科別 40%–45%（牙科 40%） |
| 配合政府補助計畫收入 | 78% |
舉例：牙醫診所全年自費收入 600 萬元，按 40% 認列費用 240 萬元，這部分的所得就是 360 萬元，再加上健保與掛號費收入的所得後，併入綜所稅計算。
方式二：設帳核實申報
依規定設置帳簿、保存憑證，按實際收入與費用計算所得。適合實際成本高於費用標準的診所——例如黃金地段高租金、人事編制大、設備折舊高的醫美或植牙診所。畢竟自費費用標準只認 40%，若你的真實成本率是 55%，核實申報一年可能差出數十萬稅金。帳怎麼設、憑證怎麼留，見診所記帳基礎；租金、薪資、耗材各科目的成本比重可對照診所成本結構解析。
一個實務提醒：方式一不是「免記帳」的通行證。費用標準只解決「費用面」的認定，收入面若被查出短漏報，仍然補稅加罰。
診所有哪些扣繳義務？
診所是扣繳義務人（責任在負責醫師身上），給付以下款項時要代扣稅款、隔月 10 日前繳庫、次年 1 月申報扣繳憑單：
- 員工薪資：按薪資所得扣繳辦法（起扣門檻內免扣，仍要申報憑單）
- 兼診醫師報酬：屬執行業務所得，扣繳率 10%（應扣稅額 2,000 元以下免扣）
- 房租：付給房東的租金扣繳 10%，另代扣 2.11% 補充保費（單次達 2 萬元）
反過來，診所領取健保給付時，健保署會先扣繳 10% 並開立執行業務所得扣繳憑單——這筆已預繳的稅款在 5 月結算時可以抵，別漏了。
漏扣繳或漏開憑單是小診所最常收到罰單的原因之一，金額不大但很煩；建議把扣繳做進每月例行帳務，和自費與健保收入的帳務分流一起處理。
國稅局最愛查的 5 個地雷是什麼？
財政部賦稅署 2025 年 11 月已公開點名：針對診所自費醫療收入加強查核，醫美與牙科是首要對象。實務上最常中的五個地雷：
| 地雷 | 國稅局怎麼查 |
|---|---|
| 1. 自費收入短漏報 | 刷卡與行動支付金流、自費收入調查表、檢舉 |
| 2. 現金收入不入帳 | 健保申報人次回推掛號費與自費比例、藥品耗材進貨量回推療程量 |
| 3. 賣保養品沒辦稅籍登記 | 進貨發票勾稽——供應商開給你的發票，國稅局都看得到 |
| 4. 費用浮報 | 人頭薪資、與診所無關的私人支出（家用車、家庭旅遊）列費用 |
| 5. 掛號費人次兜不攏 | 掛號費收入 × 人次與健保部分負擔人次交叉比對 |
特別說明第 3 點：醫療勞務免營業稅，但診所櫃檯順手賣的保養品、保健食品是銷售貨物，達到營業標準就要辦稅籍登記、開發票、繳 5% 營業稅。很多診所不是故意逃漏，是根本不知道這條線——但供應商端的進貨發票留有完整軌跡，被勾稽到就是補稅加罰。
另外提醒：短漏報被查獲，除了補稅還有罰鍰，若以詐術逃漏情節重大甚至涉刑責。自費占比越高的科別（醫美、植牙、矯正），越應該把金流做乾淨。
報稅季前，院長該做的 4 件準備
- 每月結一次帳，不要等 5 月：收入分健保、掛號費、自費三本帳，費用憑證當月歸檔。年底才整理，遺漏的都是自己的扣除額。
- 自費收入走可追蹤金流：刷卡、轉帳、行動支付優先。這不只是稅務自保——自費療程從名單、諮詢到成交若有完整紀錄，你才算得出每個療程的真實獲客成本與回報，廣告費也才知道該怎麼入帳與歸因。稅務乾淨與數據化經營，用的其實是同一套紀錄。
- 試算兩種申報方式：拿去年數字分別按費用標準與核實兩種方式算一次，差距大就值得認真設帳（或找記帳士、會計師）。
- 開業第一年就把制度做對：扣繳、稅籍、帳簿的設定成本，遠低於日後補稅加罰。還在籌備階段的醫師，可搭配開診所費用明細一併把稅務項目編進開辦預算。
稅務的本質是紀錄的品質。帳理得清的診所，通常也是名單、療程、營收看得清的診所——兩件事，一次做好。
參考資料
常見問題
診所需要繳營利事業所得稅嗎？
獨資或合夥型態的診所不是營利事業，不繳營所稅。診所盈餘屬於所得稅法第 14 條的「執行業務所得」，併入院長（或依合夥比例併入各合夥醫師）的個人綜合所得稅，適用 5% 到 40% 的累進稅率，每年 5 月申報。只有醫療社團法人等法人型態才走營所稅制，一般基層診所都是執行業務所得。
診所的醫療收入要繳營業稅嗎？
醫療勞務免徵營業稅，這是營業稅法第 8 條的明文規定，健保給付、掛號費與自費療程的醫療行為收入都不用開發票。但診所若銷售保養品、保健食品、醫美保養產品等「非醫療勞務」的貨物，就屬一般營業行為，必須辦理稅籍登記、開立統一發票並報繳 5% 營業稅，這也是近年常見的補稅來源。
診所沒有設帳記帳，報稅會怎麼算？
未依法設帳或無法提出帳證時，國稅局按財政部每年公告的「執行業務者費用標準」核定費用：114 年度健保收入每點認列 0.8 元費用、掛號費依金額認列 80% 或 90%、自費含藥費收入依科別認列 40% 到 45%。實務上許多小型診所直接按費用標準申報；但若實際成本高於標準（例如高租金、高人事），設帳核實申報才能扣到真實費用。
自費收入用現金收，國稅局查得到嗎？
查得到，而且是近年查核重點。國稅局的比對工具包括刷卡與行動支付金流、健保申報人次回推掛號費與自費比例、藥品耗材進貨量回推療程量、同業利潤水準比對與民眾檢舉。財政部賦稅署在 2025 年 11 月即公開表示針對醫美、牙科診所的自費收入加強查核，查獲短漏報將補稅並處罰。